志蓮淨苑以盛唐敦煌莫高窟第172窟北「觀無量壽經變」圖作為佛寺設計規劃藍本，以中軸線為主體布局，呈現對稱、均衡的唐代建築風格。小部份的建築手法亦採日本「和樣」形式。全棟建築物完全以檜木打造，是現在世界上最大的手造木構建築群。「西方淨土變」又稱「阿彌陀經變」，估計是敦煌石窟最早出現的經變之一，所謂「經變」，即是把佛經的內容「變」成圖畫，甚至雕塑的尊像，「西方淨土變」就是以圖畫來描述西方極樂世界。 山門 山門又作「三門」，即三解脫門之意。為面闊三間進深兩間單檐歇山頂，柱頭用出兩跳五鋪作偷心造，令拱出耍頭上承替木，泥道拱承枋隱刻慢拱，補間用蜀柱承散斗。正面心間開板門，兩盡間施直欞窗。 天王殿 天王殿的重檐歇山頂和鎏金鴟尾 天王殿的設計參考了敦煌壁畫以及日本平等院鳳凰堂。面闊五間重檐歇山頂施鎏金鴟尾，上檐三間，用雙抄雙昂四出跳七鋪作承令拱出耍頭，第三跳計心造，泥道拱承枋隱刻慢拱。心間開板門，兩盡間施直欞窗。副階用材偏小，出檐短於上檐，心間出單材華拱一跳四鋪作，兩補間均出一跳，補間與柱頭泥道拱連為鴛鴦交首拱。盡間稍間之柱用一斗三升把頭絞項造出昂形耍頭。轉角鋪作均與心間同，角縫出批竹角昂。殿內有香港少有供養的虛空藏菩薩。 蓮花池 蓮花是佛教法花，為純淨無染之意思。四個蓮花池乃依「淨土經變圖」中展現的阿彌陀佛淨土的七寶池及八功德水設計。 鐘樓、鼓樓 兩樓皆面闊進心一間，無平座層，上施四角攢尖頂飾寶珠。用雙補間，雙抄五鋪作上承令拱不出頭。拱眼壁開團窠形氣窗，四壁用直欞窗。 大雄殿 大雄殿以山西五台山佛光寺東大殿為藍本，縮七間為五間，並使用推山延長正脊，單檐廡殿頂上施金鴟尾。斗拱鋪作與佛光寺幾乎全同，不同在補間加添了斗子蜀柱於闌額上承第一層枋，枋間不用散斗。柱頭鋪作為雙抄雙下昂七鋪作令拱替木出耍頭，第二跳計心承泥道拱慢拱，扶壁用泥道拱慢拱合兩組。補間為蜀柱承枋，出兩跳，第一跳承駝峰，第二跳承令拱耍頭。心間及兩稍間開板門，兩盡間為直欞窗。